1955. aastal asutas Alice Mägi Viljandi Kultuurimaja nukunäiteringi, millest kujuneski kindla struktuuri ja näitetrupiga iseseisev nukuteater. Esimese etenduseni jõuti 1956. aasta veebruaris, mil lavastaja Alice Mägi juhendamisel mängiti I. V. Wembergeri “Kolm põrsakest”.
Aastail 1956 – 1977 oli teatri eestvedajaks ja lavastajaks Votele Kuusik. Heliloojana kirjutas etendustele originaalmuusika Osvald Ehala, nukud valmistas ja lavapildi kujundas peamiselt Ilmar Andra.
1977. aastast on teatri direktor-kunstiline juht ja lavastaja Altmar Looris. 1994. aastast kuulub teater allüksusena Viljandi Linnavalitsuse alluvusse ja sellest ajast peale asuvad nukuteatri statsionaarsed ruumid ajaloolisel Lossi tänaval. Meie alaline trupp koosneb 7 liikmest, kes kõik on õppinud nukukäsitlust Altmar Loorise käe all.

Viljandi Nukuteatri missiooniks on anda omapoolne panus nukukunsti arengusse.

Viljandi Nukuteater on UNIMA Eesti Keskuse liige.